Cette fois, alors qu'il s'est bien adapté à la vie des années 1990 et a repris son travail comme photographe de mode, Austin doit affronter une nouvelle fois le terrible Dr. Denfer qui prévoit de dérober le 'Mojo' de notre agent secret des '60s en retournant dans le passé. Sans son 'Mojo', qu'adviendra-t'il d'Austin Powers ?