La Passion du Christ fait le récit des 12 dernières heures de la vie de Jésus de Nazareth. Le film commence au mont des Oliviers (Gethsémani), où Jésus est allé prier après avoir partagé un dernier repas avec ses apôtres; il résiste maintenant aux tentations de Satan. Trahi par Judas, Jésus est arrêté et emmené à Jérusalem, où les chefs des pharisiens l'accusent de blasphème et lui font un procès qui a pour issue sa condamnation à mort.
Jésus est amené devant Ponce Pilate, le gouverneur romain de la Palestine, qui écoute les accusations portées contre lui par les pharisiens. Conscient que cette affaire pourrait dégénérer en conflit politique, il décide de faire comparaître Jésus devant le roi Hérode. Or, Hérode renvoie à son tour Jésus à Pilate, qui fait alors appel à la foule, lui demandant de choisir quel prisonnier devait être libéré entre Jésus ou Barabbas, criminel qui purge déjà une peine. La foule choisit Barabbas et fait condamner Jésus.
Jésus est remis aux mains des soldats romains qui, après l'avoir roué de coups, l'amènent à Ponce Pilate. Celui-ci présente alors un Jésus méconnaissable à la foule, croyant la calmer... mais la foule est encore insatisfaite. Ponce Pilate se lave alors les mains de cette affaire, ordonnant à ses hommes de laisser le peuple décider du sort de Jésus.
On présente à Jésus une grande croix, qu'on lui demande de porter dans les rues de Jérusalem, jusqu'au mont Golgotha. Jésus y est crucifié. C'est là qu'il fait face à sa dernière tentation : la peur d'avoir été abandonné par Dieu le Père. Il vainc sa peur, regarde Marie, sa sainte mère, et prononce alors des mots que lui seul peut comprendre : « tout est accompli ». Il meurt après avoir dit : « Père, je remets mon esprit entre tes mains. »
Au moment de sa mort, la nature se déchaîne.
