Zira, Cornelius et un troisième chimpanzé décident de quitter la Planète des Singes, devenue dangereuse. Ils font un bond de deux mille ans en arrière, en empruntant le vaisseau spatial abandonné par les "envahisseurs terriens". Lorsqu'ils débarquent dans le Los Angeles du vingtième siècle, ils sont accueillis avec enthousiasme... Tout bascule pourtant avec la naissance de Milo, le bébé singe mis au monde par Zira. Un groupe de scientifiques fait courir la rumeur que les singes représentent une menace pour l'humanité. La terreur s'empare alors des humains, qui refusent de prêter une oreille attentive aux allégations de Cornelius et de Zira.
